Первинні зміни на шкірі та слизових зазвичай починають проявлятися через 2-6 місяців після зараження. ВПЛ передається статевим та побутовим шляхами при контакті зі шкірою та слизовими оболонками зараженої людини. За наявності гострих кондилом ймовірність зараження наближається до 100%.

Вірус здатний персистувати (хронічно бути присутнім) у місці проникнення як завгодно довго. Інкубаційний період захворювання може тривати від кількох місяців до кількох років. Середній час між інфікуванням ВПЛ та розвитком аногенітальних бородавок становить від 3 місяців у жінок та до 11 місяців у чоловіків.

Інфекції ВПЛ зазвичай проходять самі, без будь-яких втручань через кілька місяців після їх придбання, і близько 90% проходять протягом 2 років.

У жінок із нормальним імунітетом рак шийки матки може розвиватися протягом 15-20 років. Однак при порушення імунної системи, наприклад у жінок з нелікованою ВІЛ-інфекцією, цей процес може зайняти всього 5–10 років.