Реальна експлуатація показує, що кілометр шляху на автомобілі з водневим двигуном коштує мінімум на 50% дорожче, порівняно з бензиновим ДВС. Витрата водню в кілька разів менша, ніж бензину, але все перекриває його ціна. У цьому полягає головна проблема водневої енергетики.

Небезпека Досить велика полягає в тому, що водень – один із найлегших газів, який у чистому вигляді без утримання просто відлетить у верхні шари атмосфери. Тому його пов'язують у вигляді води або метану, і вже всередині двигуна вивільняють.

Виробництво водню не екологічно Автомобілі на водневих паливні елементи позиціонуються як екологічно чисті, оскільки викиду шкідливих речовин ні, і під час перетворення водню на енергію утворюється лише одне побічний продукт — вода.

Основний проблемою для водневої логістики загалом є молекулярні параметри водню, що дозволяють йому з тією чи іншою швидкістю просочуватися крізь матеріали, з яких виконані системи зберігання та транспортування.