Тому що електричне поле усувається до того, як молекули в зразках наблизиться до електрода, електрофорез вважається неповним видом електролізу. Однак молекули вже будуть відсортовані за їхньою електрофоретичною рухливістю.

Електрофорез є неповною формою електролізу, оскільки електричне поле видаляється до того, як молекули досягнуть електрода, але молекули вже розділені завдяки електрофоретичній рухливості. Потім розділені молекули визначають за допомогою фарбування барвником або авторадіографії (для радіоактивних. ..

При електрофорезі колоїдні частинки рухаються до одного з електродів (анода або катода) залежно від їх заряду. З іншого боку, під час електролізу іони, що утворюються внаслідок іонної дисоціації електроліту, рухаються як до катода, так і до анода.

Електрофорез у гелі іноді може призвести до слабких смуг або їх відсутності через неправильна підготовка зразка, низька концентрація білка, недостатні умови електрофорезу або проблеми з гелем або буфером.

Щоб розділити молекули за зарядом, гель-електрофорез використовує електролізер. На малюнку 1 зображено електролізер, який має позитивний кінець, або анод, і негативний кінець, або катод.

Майже у всіх випадках Електрофорез у гелях здійснюється за допомогою електролізу води на електродах, де процес споживає воду та виробляє електрохімічні побічні продукти.