Найпоширеніша версія полягає в наступному: місто названо так за іменами братів Арзая та Масая, які першими прийняли православну віру та з почестями зустріли царя Івана Грозного. Інший варіант походження назви – злиття слів «ерзя» та «мазий», що з ерзянського перекладається як «красивий».

Назва проекту відсилає до однойменного міста та літературного гуртка. У 2015 Arzamas запустив спецпроект «Російська класика.

В 1946 після розміщення тут суворо засекреченого об'єкта з розробки ядерної зброї КБ-11 Саров потрапив під гриф секретності. У документах він іменувався База № 112, Горький-130, Кремльов, Арзамас-75 та Арзамас-16; 1995 року місту було повернено історичну назву.