Після смерті Тойотомі в 1598 році, його місце зайняв Токугава Іеясу, саме він об'єднав Японію і при ньому ж ніндзя практично зникли. В епоху правління Токугави ніндзя у людей стали асоціюватися з пустельниками, їх називали «хінін» (нелюдина).
Походження Ніндзюцу є спотвореним використанням людиною ніншуу Мудреца Шесті Шляхів, спочатку створеним його сином Індрою; замість того, щоб використовувати чакру для досягнення розуміння та створення світу, як передбачалося Мудрецем, люди використовували чакру як зброю для війни.
닌자 «приховується; той, хто ховається» < 忍ぶ синобу «приховувати(ся), ховати(ся); терпіти, переносити» + ки моно – суфікс для людей і професій), інша назва – синобі-но-моно (忍びの者, коротко – синобі 忍び) – розвідник-диверсант, шпигун, шпигун і найманий вбивця в середньовічній Японії; людина, що володіє мистецтвом ниндзюцу.