Більшість USB-накопичувачів спочатку мають файлову систему. FAT32. Це найбільш сумісна файлова система для старих та сучасних комп'ютерів (ПК та Mac), а також для ігрових консолей та інших пристроїв із портом USB. exFAT – ідеальна файлова система для USB-накопичувачів.

NTFS ідеально підходить для внутрішніх накопичувачів, у той час як exFAT зазвичай ідеально підходить для флеш-накопичувачів. Однак, іноді може знадобитися відформатувати зовнішній диск за допомогою FAT32, якщо exFAT не підтримується на пристрої, з яким його потрібно використовувати.

В даний час існує дві найбільш поширені файлові системи (для Росії) – це NTFS (Windows), FAT32 (старий стандарт Windows). Також можна використовувати файлові системи Mac OS і Linux.

Файлова система FAT32 не дозволяє зберігати окремі файли розміром понад 4 ГБ, а система NTFS дозволяє. У порівнянні із системою FAT32, файлова система NTFS найефективніше використовує диск і керує дисковим простором. Швидкості зчитування та запису вище у системи NTFS.