Через ротову порожнину гастроскоп акуратно вводиться у порожнину шлунка та проводиться його ретельний огляд з усіх боків.. Зображення передається на екран монітора, і фахівець вивчає стан слизової оболонки. Якщо візуалізація утруднена, через ендоскопічну трубку впорскують струмінь води або подають повітря.

Лікар обробляє ротову порожнину антисептиком (лідокаїном) та вставляє спеціальну капу. Вона потрібна для того, щоб запобігти поломці апарата укусами. Маніпуляція проводиться з анестезією (за бажанням хворого або за показаннями) або без неї. Далі після глибокого вдиху через рот вводиться гастроскоп.

Намагайтеся глибоко та рівномірно дихати ротом, не завмирайте та не зупиняйте дихання: глибоке та рівномірне дихання заспокоює та знижує нудоту. Це основний прийом, що полегшує проведення дослідження.

Протягом 8 годин перед гастроскопією не вживати їжі. Допускається прийом невеликої кількості (2-3 ковтки) простої води, обов'язково без газу, за 2-3 години до дослідження. За 2–3 години категорично забороняється куріння – одна з вимог підготовки до гастроскопії шлунка.