Першим будинком комплексу «Москва-Сіті» стала здана у 2001 р. «Вежа 2000», з'єднана з вестибюлем «Багратіона». Вона єдина з усього комплексу височить правому березі Москва-річки і претендує звання хмарочоса.
Довгий час район, де зараз знаходиться діловий центр, ніяк не розвивався і використовувався як промзона. Тут розташовувалися Дорогомилівські каменоломні, які діяли ще за радянських часів, поряд був житловий район із символічною назвою «Камінці».
Будівництво комплексу зайняло 5 років та тривала до 2016 року. Він складається з «Північної» (49 поверхів; 254) м та «Південної» (85 поверхів; 354 м) веж.