NTFS ідеально підходить для внутрішніх накопичувачів, у той час як exFAT зазвичай ідеально підходить для флеш-накопичувачів. Однак, іноді може знадобитися відформатувати зовнішній диск за допомогою FAT32, якщо exFAT не підтримується на пристрої, з яким його потрібно використовувати.

Якщо обмін файлами відбуватиметься між Windows та macOS, то вибирати краще ExFAT та FAT32 (лише для файлів до 4 GB). Якщо обмін файлами відбуватиметься між Windows і Linux, то вибирати варто між NTFS та FAT32 (лише для файлів до 4 GB).

Extended FAT – "розширена FAT"), іноді називається FAT64 – пропрієтарна файлова система, призначена головним чином для флеш-накопичувачів. Вперше представлена ​​фірмою Microsoft для вбудованих пристроїв Windows Embedded CE 6.0.