МРТ допомагає виявити патології будови кишечника, неспецифічний виразковий коліт, пухлини, ракові метастази з інших органів, дивертикули (випинання стінок), сторонні тіла, поліпи.
Рак шлунку МРТ шлунка дозволяє отримати чіткі та ясні знімки, завдяки яким можна, можливо виявити новоутворення зі 100% точністю.
МРТ прямої та товстої кишки (кишечника) показує анатомію цієї частини кишечника, очеревини та сусідніх органів малого тазу, судинну систему – артерії та вени, лімфатичні вузли та кістки тазу. МРТ пряма кишка відома також як МР-колоноскопія, а МРТ тонкого кишечника – як МР-ентерографія.