З приходом нової епохи – епохи Мейдзі, сьогунат Токугава припинив існування, а разом з його падінням зникли і ніндзя. Нащадки ніндзя так само живуть у місцях, де раніше знаходилися традиційні школи ниндзюцу.23 May 2017

Після смерті Тойотомі в 1598 році, його місце зайняв Токугава Іеясу, саме він об'єднав Японію і при ньому ж ніндзя практично зникли. В епоху правління Токугави ніндзя у людей стали асоціюватися з пустельниками, їх називали «хінін» (нелюдина).

Однак «демони ночі», як їх називали, наводили жах на самураїв та князів. В той же час ніндзя майже ніколи не вбивали селян, оскільки ті становили їм небезпеки і часто могли їм допомогти. Основною діяльністю ніндзя були замовні вбивства та диверсії.

Слово «ніндзя» можна отримати, якщо по-китайськи прочитати «синобі» – Таке читання називається он'єм. У результаті ця вимова прижилася на Заході, тому що європейцям та американцям легше сказатиніндзя», ніж «синобі». Але останній варіант правильніший.