Права спіраль явно виявляється більш стабільною (приблизно на 1 ккал/моль на залишок, див. також[cite]10.1021/ja960665u[/cite], але це насправді це не пов'язано ні з дисперсійними ефектами, ні з ентропією, а тому має виникати в основному через взаємодії, подібні до водневих зв'язків.
Якщо перед вами є спіраль, уявіть собі сходи всередині неї, справжня спіраль — це поручень: якщо ви піднімаєтесь сходами, яку руку ви б поклали на поручень? Якщо поручень справа від вас, це права спіраль, інакше це ліва спіраль.
α-спіралі — правильні праві повороти амінокислот довжиною 3,6 залишку; 5,41 Å. Водневий зв’язок між першим карбонільним атомом кисню скелета та четвертим залишком групи NH стабілізує структуру; Взаємодії ван дер Уоллса поперек осі додатково стабілізують структуру.
Ми показуємо праву спіраль [Щоб зрозуміти, який напрям є правим, ми правою рукою підніміть великий палець і подивіться, у якому напрямку вигинаються пальці]. В альфа-спіралі всі бічні ланцюги амінокислот звернені назовні спіралі, оскільки це найбільш енергетично стабільне розташування.
Крім того, на стабільність α-спіральних конформацій білка впливають взаємодії між бічними ланцюгами (між залишками в положеннях i,i+3 та i,i+4), електростатичні взаємодії між зарядженими полярними залишками з макродиполем α-спіраль і кепінг-взаємодія між залишками …