Ідеї ​​про трансмутацію видів були суперечливими, оскільки вони суперечили переконанням, що види є незмінними частинами розробленої ієрархії та що люди унікальні, не пов’язані з іншими тваринами.

Цей новаторський текст спочатку був заборонений суперечать християнським віруванням в альма-матер Дарвіна, Трініті-коледжі в Кембриджі в 1895 році, а пізніше в Теннессі (1925-1967), Югославії (1935) і Греції (1937).

Остаточна відповідь: «Про походження видів» Дарвіна викладає його теорію природного відбору, пояснюючи, як види еволюціонують з часом завдяки перевагам виживання. Це було спірним суперечило релігійним уявленням того часу.

Дарвін стверджує, що організми, що демонструють «вигідні варіації» — варіації, які дозволять їм пристосуватися до навколишнього середовища краще, ніж інші організми, — матимуть більше шансів вижити. Через спадковість ці корисні варіації будуть передані нащадкам організмів.

Три помилки Дарвіна полягали в тому, що (1) він відкинув масові вимирання як артефакт!; недосконалого геологічного літопису; (2) він припустив, що різноманітність видів, як і особин даного виду, має тенденцію експоненціально зростати з часом; і (3) він вважав біотичні взаємодії головною причиною вимирання видів.

Якщо екстраполювати його роль як наукової теорії, здавалося, що це суперечить поняттю верховенства людства та Божої руки у світовому порядку. Такий же страх існує і сьогодні. Може здатися, що еволюція знаходиться в прямому конфлікті з глибоко укоріненими системами переконань про те, як життя виникло на Землі.