Порядок був запрограмований у
через чіп-інгібітор щоб переконатися, що клони підкоряться команді. Наказ затаврував членів Ордену джедаїв як зрадників Республіки та закликав до їх негайної страти без питань.
У той час багато клонів не сприймали це так, оскільки чіп-інгібітор змусив їх знищити джедаїв. Однак Зоряні війни чітко дали зрозуміти, зосереджуючись на клонах після Наказу 66, що вони повільно шкодували про свої вчинки після того, як їхні кошмари збулися.
Такі клони, як Рекс, Кікс, Грегор і ARC Troopers, видалили мікросхеми-інгібітори та зберегли свою вільну волю після Наказу 66. Bad Batch, Alpha-Class ARC і Cut Lawquane кинули виклик Наказу 66 через імунітет, вільнодумство або відсутність контакту.
Біочіп, коли його активовано, забезпечить повну слухняність клону, стираючи існуючі упередження та переконання та прищеплюючи абсолютну відданість Палпатіну. Наказ також змусив клонів вважати джедаїв небезпечними зрадниками, яких потрібно знищити будь-якою ціною, навіть власним життям.
У арці «Втрачені місії» Наказ 66 ми знаємо, що глибоко в глибині своєї підсвідомості вони знали, що одного разу повернуться та вб’ють джедаїв. Згідно з репліками, які прозвучали в епізодах, всі клони бачили той самий кошмар. Хоча не прямо сказано, це було про те, що вони вбили своїх генералів-джедаїв.
Наказ 67 буд наказ, який вимагає від військових-клонів танцювати та чистити свою броню.